Die erste bekannte Restaurierungsmaßnahme am Dresdner Codex wurde 1786 vorgenommen. Die brüchigen Verbindungen zwischen den einzelnen Seiten des Codex wurden durch Goldschlägerhäutchen (gewonnen aus der Oberhaut des Ochsenblinddarms) ersetzt. Schon dabei könnte die ursprüngliche Reihenfolge und Ausrichtung der Seiten verändert worden sein. 1835 wurde die Handschrift zur besseren Präsentation in einer Vitrine eines gleichzeitig eingerichteten Zimelienzimmers in zwei Streifen geteilt und zwischen Glasplatten eingeschlossen.

Gegen Ende des 2. Weltkrieges lagerte der Codex zum Schutz vor Kriegseinwirkungen in einer speziellen Kiste in einem bombensicheren Tiefkeller des Japanischen Palais in Dresden, wo die Sächsische Landesbibliothek seit 1786 ihren Sitz hatte. Bei den Bombenangriffen vom 13. Februar und 2. März 1945 wurde das Palais schwer getroffen und die damit verbundene Überflutung des Kellers erst Mitte März entdeckt. Die Kistenwände und Glasplatten hatten die Maya-Handschrift weitgehend geschützt. Nur an wenigen Stellen gelangte das Wasser an das empfindliche Material. Durch die Feuchtigkeit quollen jedoch die Rindenbast-Fasern an diesen Stellen auf und wurden an die Innenseiten der Glasplatten gepresst. Während der anschließenden Trocknung zogen sich die Fasern wieder zusammen; die oberste Kalkschicht mit den Figuren und Schriftzeichen blieb stellenweise wie ein Abziehbild an der Glasplatte kleben. Dazu trug auch die Öffnung der Glasplatten bei. In diesem Zusammenhang wurde die Reihenfolge und Ausrichtung der Blätter an manchen Stellen verändert.

Trotz alledem ist der Erhaltungszustand der Dresdner Maya-Handschrift für ihr hohes Alter und nach den Wasserschäden als erstaunlich gut zu bezeichnen. So kann sie heute in der Schatzkammer der SLUB in einer Sicherheitsvitrine liegend unter kaltstrahlender, UV-armer Beleuchtung weiterhin ständig präsentiert werden. Von einer erneuten Öffnung der Glasplatten zum Zwecke einer Restaurierung des Codex wird von in- und ausländischen Experten mit Entschiedenheit abgeraten.